본 발명은 녹조류에서 프리 아스타잔틴의 선택적 분리 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로 해마토코쿠스 플루비알리스(HAEMATOCOCCUS PLUVIALIS)를 포함하는 세포배양액을 알칸계 용매와 혼합 및 교반하여, 프리 아스타잔틴 및 아스타잔틴 에스테르 등의 아스타잔틴 물질을 함유하는 알칸계 용매 추출물을 수득하는 단계 (단계 1); 및 알칸계 용매 추출물을 알코올과 혼합 및 교반하여 프리 아스타잔틴을 함유하는 알코올 추출물을 수득하는 단계 (단계 2)를 포함하는, 해마토코쿠스 플루비알리스로부터 프리 아스타잔틴을 선택적으로 분리하는 방법에 관한 것이다.